התשובה
יש כמה תירוצים למנהג,
1) שיש מעגל של מתפללים ללא ספרים שחוצץ בין הספרים הנישאים לבין היושבים וי"א שעמודי התפילה (הסטנדרים אם נשנם כאלה) שבינם לבין ספרי התורה חוצצים (בשם הגרשז"א).
2) יש אומרים שבין הקפה להקפה כשהספרים ביד נושאיהם ולא בתנועה מותר לשבת (ערוה"ש), ויש מוסיפים עוד שכיון שהתיישב והתחילה הקפה חדשה אי"צ לקום ממקומו (שו"ת בצל החכמה חלק ה סימן קלט)