חיוב המצווה: מצווה לספור מליל קציר העומר, תשעה וארבעים יום שהם שבעה שבועות. ליל קציר העומר הוא ליל ט"ז בניסן החל במוצאי יום טוב ראשון של פסח. מצווה זו אינה מוטלת רק על בית הדין אלא מצווה על כל אחד ואחד מישראל לספור ארבעים ותשעה ימים. ומצווה על כל אחד לומר את הספירה בעצמו. ואף שבכל המצוות שבדיבור יש לנו כלל – "שומע כעונה", וכן יכול אדם לצאת ידי חובת הברכה על ספירת העומר בשמיעת החזן; אבל לעניין הספירה עצמה, כיוון שנאמר: "וּסְפַרְתֶּם לָכֶם", לדעת כמה פוסקים צריך כל אדם לספור בעצמו בפיו. ואמנם יש סוברים שדין הספירה כדין שאר המצוות שבדיבור, ויכול אדם לצאת ידי חובתו בשמיעת חבירו. אלא שלכתחילה כדי לצאת ידי כל הדעות, צריך כל אחד לספור בעצמו.
נוסח הספירה: לפני הספירה מברכים: "ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם אשר קדשנו במצוותיו וצוונו על ספירת העומר".
הברכה והספירה נאמרים לכתחילה בעמידה, ואם ישב יצא.
הספירה מורכבת משני חלקים: ספירת הימים וספירת השבועות. למשל, ביום השביעי צריך לומר: "היום שבעה ימים שהם שבוע אחד". וגם באמצע השבוע מזכירים את חשבון הימים והשבועות, למשל, ביום העשירי אומרים: "היום עשרה ימים שהם שבוע אחד ושלושה ימים".
מספר נוסחאות ישנן בספירת העומר: יש אומרים 'לעומר' ויש אומרים 'בעומר'. יש אומרים: "היום ארבעה עשר יום לעומר שהם שני שבועות", ויש אומרים: "היום ארבעה עשר יום שהם שני שבועות לעומר". ובכל הנוסחים יוצאים ידי חובה. נוהגים להוסיף אמירת 'לשם יחוד' לפני הספירה, ותפילות שונות אחריה, אך אין בזה חובה, והעיקר הוא הספירה עצמה והברכה שלפניה.
זמן הספירה: זמנה של ספירת העומר מתחיל בלילה של ט"ז בניסן, וצריך לספור בלילה, וכדי שהספירה תכלול את כל שעות היממה, מצווה להקדים ולספור בתחילת הלילה. במיוחד מקפידים בזה בתחילת הספירה ביום הראשון, כדי שהספירה תכלול את כל השעות של שבעת השבועות. אולם גם בשאר הימים מצווה להדר ולספור בתחילת הלילה, כדי שספירת כל יום ויום תהיה תמימה ותכלול את מלא היממה.
אף שלכתחילה מצווה להקדים ולספור בתחילת הלילה, מכל מקום אין זו חובה, ולכן מי שעומד להתפלל מעריב, צריך להקדים את תפילת מעריב לספירה, מפני שהכלל הוא שיש להקדים את המצוות התדירות לשאינן תדירות, ומצוות קריאת שמע ותפילה של ערבית נוהגות כל השנה, והן תדירות יותר מן הספירה.
מי שרגיל להתפלל מעריב בכל השנה בשעה מאוחרת, מוטב שיספור לאחר תפילתו הקבועה, מפני שאם יספור לעצמו בתחילת הלילה, יהיה עלול לבוא לידי טעות או שכחה. ועוד, שיש מעלה בקיום המצווה בציבור.
אבל מי שמפני טרדותיו אינו יכול להתפלל מעריב אחר צאת הכוכבים, ומתכוון להתפלל אח"כ ערבית ביחיד, מוטב שיספור את ספירת העומר מיד אחר צאת הכוכבים, כדי להזדרז בקיום המצווה בתחילת הלילה. ועוד, שיש חשש שמא אחר שיתפלל ערבית ביחיד ישכח לספור.
מי ששכח: מי ששכח לספור בלילה, נחלקו הראשונים אם יכול להשלים את ספירתו ביום. למעשה נפסק להלכה, שהשוכח לספור בלילה יספור ביום בלא ברכה ובימים הבאים יוכל להמשיך לספור בברכה.
לדעת רוב הפוסקים, הספירה בכל יום היא מצווה בפני עצמה, ולכן השוכח לספור יום אחד הפסיד את מצוות אותו היום בלבד, ולמחרת מצווה עליו להמשיך לספור בברכה.
למעשה נפסקה ההלכה, שגם אדם ששכח לספור יום אחד, צריך להמשיך לספור, על פי דעת רוב הפוסקים הסוברים שכל יום עומד בפני עצמו. אבל יספור בלא ברכה, מפני שאנו חוששים לדעה שכל הספירה היא מצווה אחת, ומאחר ששכח יום אחד, הפסיד את המצווה, וכדי שלא להיכנס לספק ברכה לבטלה יספור בימים הבאים בלא ברכה.
וכדי שלא להפסיד את הברכה, צריכים כל אלה ששכחו לספור באחד הימים, להתכוון לצאת ידי הברכה בשמיעת החזן.
במקרה של ספק: מי שהתעורר לו ספק שמא שכח לספור יום אחד, יכול להמשיך לספור בברכה, כי רק כאשר ברור ששכח לספור יום אחד חוששים לדעה שאינו יכול להמשיך לספור בברכה.
וכן מי ששכח לספור בלילה ונזכר וספר למחרת ביום, אע"פ שיש סוברים שאין יוצאים בספירה שביום, כיוון שיש סוברים שבדיעבד גם בספירת היום מקיימים את המצווה, בימים הבאים יוכל לספור בברכה.
נשים: נשים פטורות ממצוותשהזמן גרמן ובכללן ספירת העומר. אך אם רוצה יכולה לספור ויש לה בזה מצווה.
לפי מנהג רוב קהילות ספרד נשים סופרות בלא ברכה, לפי מנהג אשכנז מי שיודעת בעצמה שיכולה לספור את כל הספירה, ואם תשכח יום אחד תדע להמשיך בלא ברכה, רשאית לספור בברכה. ובמיוחד מי שנוהגת להתפלל בכל יום תפילת ערבית, או שבני ביתה רגילים להזכיר לה לספור, החשש שתשכח לספור ספירת העומר קטן יותר, ואם תרצה תוכל לברך לפי מנהג אשכנז.
דינים נוספים: מי ששאלו חבירו בזמן הראוי לספירה, כמה ימים היום לעומר, אם עדיין לא ספר באותו יום בברכה, לא יענה לו "היום כך וכך ימים לעומר", שאם יאמר לו כן, כבר יצא בזה ידי הספירה ושוב לא יוכל לברך לפני שיספור. אלא יאמר לו אתמול היה כך וכך לעומר.
ואם יענה לו כמה היום לעומר תוך שהוא מתכוון במפורש שלא לצאת ידי חובתו בתשובתו לחבירו, לא יצא, ויוכל אח"כ לברך ולספור. ואם כבר הגיעו בספירה לחשבון המורכב מימים ושבועות, וענה לו את המספר של אותו יום, בדיעבד יוכל לברך אחר כך על ספירתו, שכיוון שלא ספר כדרך שרגילים, תוך הזכרת הימים והשבועות, גילה דעתו שאינו מתכוון לצאת בתשובתו ידי מצוות הספירה.
לפני שיברך יחשוב לעצמו כמה היום לספירה. ואם יש לו ספק אם היום תשעה ימים או עשרה, ואין לו את מי לשאול. יאמר את שתי הספירות, אולם כיוון שיש בזה ספק אין לברך.