המקור לזיהויים של צמחים ובע"ח הוא מתוך הספר של פרופ' עמר- הצומח והחי במשנת הרמב"ם.
הכּוֹפֶר נזכר במשנה עם כמה צמחי בושם, והרמב"ם ביארו: "אלחנאא (حِنَّاء) וכך אומרים בפירוש 'אשכול הכופר' (שה"ש א, יד), לפי שהוא עושה אשכולות נאים בתכלית. ויש אומרים שכופר הוא אלקרנפל (قرنفل)".[1] הצמח אינו משמש מאכל אדם, ולכן אינו חייב בפאה ובמעשרות, שלא כמו שאר צמחי הצביעה.[2]
ה"חנא" הוא צמח הכופר (Lawsonia
inermis), עץ תרבות קטן, נשיר, הגדל במקומות חמים, כמו עין גדי ויריחו. פרחיו קטנים, ערוכים במכבד, וצבעם לבן או צהבהב. הוא ניכר באשכולות פירותיו, כדברי הפסוק: "אֶשְׁכֹּל הַכֹּפֶר דּוֹדִי לִי בְּכַרְמֵי עֵין גֶּדִי" (שיר השירים א, יד). מן העלים היבשים והכתושים מפיקים סממן צביעה כתום שהשתמשו בו לצביעת בדים ועורות ולצורכי קוסמטיקה: צביעת שיער וחלקי גוף אחרים.
הרמב"ם כנראה התנגד למזהים את ה"כפרים" (שיר השירים ד, יג) עם ה"קרנפל",[3] ולכן הביאו בשם "יש אומרים". הכוונה היא לעץ איגנית הציפורן (Eugenia
caryophyllata), שניצני פרחיו משמשים תבלין ובושם. עץ זה גדל בארצות דרום מזרח אסיה ולא בארץ ישראל.[4]