על שולחן הסדר מניחים קערה ובה סימני הסדר, כלומר מאכלים שמצווה לאוכלם בליל הסדר: מצות, מרור, חרוסת, כרפס. בזמן שבית המקדש היה קיים, היו מניחים על קערת הסדר גם בשר מקרבן הפסח ובשר מקרבן החגיגה, שהיו מקריבים בערב פסח. בזמן הזה, שלצערנו איננו זוכים להקריב קרבנות אלו, אנו מניחים על קערת הסדר שני מאכלים שיזכירו לנו את קרבן הפסח ואת קרבן החגיגה, כדי שנחוש בחסרון המקדש. נבאר לשם מה מניחים כל אחד מהמאכלים בקערה, ולאחר מכן נבאר איך מסדרים את כל המאכלים בקערה.
המאכל החשוב ביותר שמונח בקערה הוא המצות, שהמצווה לאוכלן היא מהתורה. בכל חג ומועד, מניחים על השולחן שני ככרות לחם, כדי לקיים את מצוות "לחם משנה", אבל בליל הסדר, מניחים בקערה שלוש מצות. הטעם לכך הוא שהמצה נקראת בתורה "לחם עוני", ודרכו של עני היא שאין לו ככר שלם, אלא שאריות פת שהוא שומר מיום ליום. לכן המצה שמקיימים בה את מצוות אכילת מצה, צריכה להיות מצה שאיננה שלמה. ועל כן, נוסף לשתי מצות עבור לחם משנה, מוסיפים עוד מצה, שאותה מחלקים לשניים במהלך הסדר, כדי שתהיה "לחם עוני". וכך מקיימים גם את מצוות לחם משנה, במצות שלמות, וגם את מצוות אכילת מצה, במצה שאיננה שלמה1.
מניחים בקערה ירק מר, שבו מקיימים את מצוות אכילת מרור, זכר לכך שהמצרים מררו את חיי אבותינו במצרים1. בדרך כלל, משתמשים בחסה לאכילת המרור, שכן יש בה רמז שה' חס עלינו. ועוד, שהחסה בתחילת גידולה היא רכה ואינה מרירה, אבל בהמשך גידולה הקלח שלה מתקשה, והיא נעשית מרירה; ואם כן, יש בזה זכר לשעבוד שהתחיל בפה רך, אך בהמשך היה מר וקשה2. אוכלים מרור פעמיים בליל הסדר, פעם ראשונה, כדי לקיים את מצוות אכילת מרור, ופעם שנייה, באכילת ה'כורך'. לכן לפי האר"י ז"ל, מניחים בקערה שני מרורים. יש שנהגו להשתמש עבור אחד מהם בעלי חסה, ועבור האחר בעולש או בקלח של חסה3.
בחרוסת מטבלים את המרור. החרוסת מורכבת מפירות שעם ישראל נמשל להם, כתפוחים, תאנים, אגוזים ורימונים. מרסקים אותם יחד, ומוסיפים להם תבלינים ויין היוצרים בלילה עבה, זכר לטיט ששעבדו בו את אבותינו במצרים1.
כרפס הוא ירק שמטבלים במי מלח או בחומץ בתחילת הסדר. הוא בא בתור חלק מהשינויים שעושים במהלך ליל הסדר, כדי לעורר את הילדים לשאול אודותיהם, ומתוך כך לשאול שאלות הקשורות ליציאת מצרים. יוצאים ידי חובת כרפס בכל ירק, אך יש עדיפות לסלרי, שזהו הירק הנקרא 'כרפס'1. ויש שנהגו לקחת תפוחי אדמה, צנון או בצל2. מכיוון שירקות עלים נגועים מאוד בחרקים, הלוקחים סלרי לכרפס, יקפידו לקחת סלרי מגידול מפוקח ללא תולעים, עם כשרות טובה, וישטפו את העלים על פי ההנחיות שעל גבי האריזה.
כמבואר לעיל, מניחים על הקערה שני מאכלים, אחד זכר לקרבן פסח ואחד זכר לקרבן חגיגה. זכר לקרבן פסח, נוהגים לקחת זרוע של צאן או בקר, לזכר 'הזרוע הנטויה' שבה גאל אותנו הקב"ה ממצרים1, ויש נוהגים לקחת כנף או שוק של עוף, שהם דומים לזרוע של בהמה2. את הזרוע צולים באש, מכיוון שקרבן פסח היה נאכל צלי. ואפשר לבשל את הזרוע, ולאחר מכן לצלות אותה מעט על הכיריים3.
זכר לקרבן חגיגה, מניחים על הקערה מאכל נוסף. נוהגים לקחת ביצה, מכיוון שביצה נקראת בארמית 'ביעא', ו'בעי' בארמית הוא רצון, כלומר, רָצה ה' לגואלנו. עוד מעלה יש בביצה, שהיא מאכל אבלים, ואנו עושים בזה זכר לאבלות על בית המקדש, שבגלל חסרונו אין אנחנו יכולים להקריב קרבן פסח וקרבן חגיגה1. מבשלים את הביצה, זכר לקרבן החגיגה שנאכל בין מבושל ובין צלי, וכן מנהג יוצאי ספרד2. ויש מיוצאי אשכנז שנוהגים לצלות את הביצה, מכיוון שיש סוברים שגם קרבן החגיגה נאכל רק צלי3.
מטבלים את הכרפס במי מלח. לכן לדעת הרמ"א, מניחים על הקערה גם מי מלח. אך לפי האר"י, אין מניחים את מי המלח על הקערה.
כאשר ליל הסדר חל בליל שבת, יש להכין את מי המלח בערב החג. זאת משום שאסור להכין בשבת מי מלח, שכן המכין מי מלח נראה כרוצה לכבוש ירקות, ואסור לכבוש ירקות בשבת, משום שהדבר דומה לעיבוד עור, האסור בשבת. אדם ששכח להכין מי מלח בערב שבת, יכול להכין בשבת מעט מי מלח, כפי הנצרך לטיבול הכרפס. זאת משום שבהכנת כמות מועטה של מי מלח לשימוש מידי, ניכר שהכנתם אינה לצורך כבישת ירקות1.
ישנם שני מנהגים עיקריים לסדר הנחת הסימנים על קערת הסדר - מנהג הרמ"א ומנהג האר"י. יוצאי ספרד נוהגים לסדר את הקערה כפי מנהג האר"י, ובין יוצאי אשכנז נחלקו המנהגים - רבים נוהגים לסדר כמנהג האר"י, ויש הנוהגים לסדר כרמ"א, ושני המנהגים טובים.
לפי הרמ"א, העיקרון שקובע איך לסדר את הסימנים בקערה הוא ש"אין מעבירים על המצוות". להעביר על המצוות, משמעותו לא לקיים מצווה שנפגשים בה ויש יכולת לקיימה. כיצד עיקרון זה מתבטא בסדר הקערה? לדוגמה, מתוך כל הסימנים המונחים בקערה, הכרפס הוא הראשון שבו מקיימים מצווה בליל הסדר. אם הכרפס יהיה מונח רחוק מעורך הסדר, והמצות תהיינה קרובות יותר, כאשר עורך הסדר יושיט את ידו ליטול את הכרפס, הוא ידלג על המצות ולא ייטול אותן, ובזה הוא יעביר על המצווה. לכן מניחים את המינים בקערה בסדר כזה, שככל שהמצווה תתקיים מוקדם יותר, כך היא תונח קרוב יותר לעורך הסדר. כאמור, המצווה הראשונה שמקיימים מהמינים שבקערה היא מצוות אכילת הכרפס. לכן הכרפס מונח במקום הקרוב ביותר לעורך הסדר, ומשמאלו מי המלח, שבהם מטבלים את הכרפס. המצווה השנייה שמקיימים היא מצוות אכילת מצה, ולכן מניחים את המצות אחרי הכרפס ומי המלח. רחוק יותר, מניחים את המרור והחרוסת (שבה מטבלים את המרור), שאותם אוכלים אחרי המצה. בצד ימין מניחים את המרור, ולשמאלו - את החרוסת. ובסוף הקערה, מניחים את הזרוע והביצה, שכן אין מצווה לאוכלם1. כך נראית קערת הסדר לפי הרמ"א:
לפי האר"י ז"ל, המצות והסימנים שבקערה רומזים ל'עשר הספירות', ומניחים אותם כפי מבנה הספירות. 'עשר הספירות' הוא מושג מתורת הקבלה, המתאר את דרך הנהגת ה' את העולם. קערת הסדר מסמלת את ספירת ה'מלכות'. על גבה מניחים את שלוש המצות, הרומזות לספירות 'חכמה' 'בינה' ו'דעת'. מעל המצות, מניחים את שאר הסימנים: שלושה סימנים מניחים קרוב לעורך הסדר, כצורת הניקוד סֶגול, ואחריהם, רחוק יותר מעורך הסדר, מניחים שלושה סימנים נוספים, גם הם כצורת הניקוד סֶגול. ב'סֶגול' הרחוק מעורך הסדר, מניחים את הזרוע בצד ימין, כנגד ספירת 'חסד', כנגדה משמאל, מניחים את הביצה, כנגד ספירת 'גבורה', ומתחתיהן באמצע, מניחים את המרור, כנגד ספירת 'תפארת', שהיא המידה הממצעת בין החסד והגבורה. ב'סֶגול' הקרוב לעורך הסדר, מניחים את החרוסת בצד ימין, כנגד ספירת 'נצח'. כנגדה משמאל, מניחים את הכרפס, כנגד ספירת 'הוד', ומתחתיהן באמצע, מניחים את המרור השני, המשמש לכורך (שיש שקוראים לו חזרת), כנגד ספירת 'יסוד', שהיא המידה הממצעת בין ההוד והנצח1. כך נראית קערת הסדר לפי האר"י ז"ל:
אין צורך להניח קערה לפני כל אחד מהמסובים, ודי בכך שישנה קערה לפני עורך הסדר2.