כבכל תענית, גם בתענית אסתר מוסיפים בתפילה כמה קטעים של בקשות ותחנונים. בתפילת עמידה בברכת "שומע תפילה", אומרים "עננו ה' עננו ביום צום תעניתנו וכו'". זאת משום שברכת "שומע תפילה" היא ברכה כללית שאפשר להוסיף בה תפילות שונות, וכן סיומה של ברכה זו - "ברוך אתה ה' שומע תפילה", מתאים לתפילת "עננו", שמבקשים בה שתפילותינו תתקבלנה1.
יוצאי ספרד אומרים "עננו" בתפילת שחרית ובתפילת במנחה, ויוצאי אשכנז אומרים "עננו" רק בתפילת מנחה, מחשש שבמשך היום יצטרך האדם לאכול, ויתברר למפרע שמה שאמר בתפילת שחרית "ביום צום תעניתנו", לא היה נכון. בתפילת מנחה אין חוששים לזה, כיוון שאפילו אם יזדקק לאכול אחרי תפילת מנחה, הרי התענה עד חצות, ותענית עד חצות יכולה להיקרא צום2.
אמנם גם למנהג יוצאי אשכנז, שליח הציבור אומר "עננו" בחזרת הש"ץ כבר בתפילת שחרית. כיוון שאף אם הוא יזדקק לאכול, תפילתו היא תפילת הציבור, ואין חוששים שכל הציבור יזדקק לאכול במשך התענית3. בדבר נוסף שונה דינו של שליח הציבור מדין היחיד: בכך שהוא אומר את תפילת "עננו" בחזרת הש"ץ כברכה בפני עצמה, אחרי ברכת "גואל ישראל", שלא כמו היחיד, שאומר "עננו" בברכת "שומע תפילה"4. הטעם לכך הוא שחכמים לא רצו להוסיף בתפילת היחיד ברכה, ולשנות את מספר הברכות שתיקנו אנשי כנסת הגדולה, שכן היו לאנשי כנסת הגדולה בזה כוונות עליונות. רק בתפילת הציבור, שאיננה התפילה הבסיסית, הוסיפו חכמים עוד ברכה, וחרגו ממספר הברכות שתיקנו אנשי כנסת הגדולה. תפילת הציבור היא גם תפילה חשובה יותר, ולכן ראוי להוסיף בה ברכה5. הטעם לכך שהסמיכו את תפילת "עננו" לברכת "גואל ישראל" בתפילת הציבור הוא שבספר תהלים, הפסוק "ה' צוּרִי וְגֹאֲלִי" סמוך לפסוק "יַעַנְךָ ה' בְּיוֹם צָרָה", ובתפילת עננו אנו מתפללים להיוושע מהצרות שאנו מצויים בהן6.
בתפילת שחרית אומרים סליחות לאחר חזרת הש"ץ7, ויוצאי אשכנז אומרים גם "אבינו מלכנו"8. לאחר מכן אומרים תחנון, קוראים בתורה את פרשת "וַיְחַל מֹשֶׁה"9, שיש בה את תפילת משה רבנו על עם ישראל לאחר חטא העגל, ומוזכרים בה גם שלוש עשרה מידות הרחמים של ה', וממשיכים בתפילה כרגיל. בתפילת מנחה קוראים בתורה שוב את פרשת "וַיְחַל מֹשֶׁה", ויוצאי אשכנז קוראים גם את ההפטרה המיוחדת לתעניות10, אך אין אומרים תחנון ו"אבינו מלכנו"11, כי הארת פורים הולכת ומאירה מחצות היום12.