כאמור לעיל במשך הדורות באו צרות נוספות על עם ישראל בימי הספירה. לפני כתשע מאות שנה, כאשר מסעות הצלב הגיעו לגרמניה ולצרפת, הנוצרים פרעו ביהודים, החריבו את קהילותיהם והרגו אלפי יהודים שסירבו להמיר את דתם. בעקבות פורענות זו חוברה תפילת "אב הרחמים", הנאמרת בקרב יוצאי אשכנז בכל שבת לאחר קריאת התורה. בתפילת זו מזכירים את צדקותן של אותן קהילות שמסרו נפשן על קדושת השם, ומתפללים שה' ינקום את נקמתן1.
בדרך כלל אין אומרים את תפילת "אב הרחמים" בשבתות חגיגיות, כגון בשבת מברכים או כאשר יש חתן בבית הכנסת, אך בימי ספירת העומר אומרים את תפילת "אב הרחמים" בכל השבתות, כיוון שחורבן קהילות גרמניה וצרפת אירע בימים אלו2.