ימי ספירת העומר הם הימים שבין חג הפסח לחג השבועות, וביסודם הם ימים חגיגיים, הדומים לחול המועד1, אך מאחר שמתו בהם עשרים וארבעה אלף תלמידי רבי עקיבא, נוהגים בהם קצת דיני אבלות2: אין מתחתנים, אין מסתפרים, אין מקיימים בהם ריקודים ומחולות ואין שומעים בהם מוזיקה עליזה3.
הסיבה לכך שנגזרה גזרה קשה כל כך על תלמידי רבי עקיבא היא משום שהם לא נהגו כבוד זה בזה4. כך אמרו חכמים: "שנים עשר אלף זוגים תלמידים היו לו לרבי עקיבא וכולן מתו בפרק אחד מפני שלא נהגו כבוד זה לזה". הם מתו דווקא בימי ספירת העומר, שהם ימי הכנה למתן תורה, כיוון שאהבת ישראל היא תנאי לקבלת התורה. זאת למדים מן הפסוק שנאמר על ישראל בשעה שהגיעו להר סיני: "וַיִּחַן שָׁם יִשְׂרָאֵל נֶגֶד הָהָר"5. מהכתוב "וַיִּחַן" בלשון יחיד, דרשו חכמים שעם ישראל באותה שעה היה מאוחד "כאיש אחד בלב אחד"6, ומכוח אחדות זו הוא היה ראוי לקבל את התורה7. וכיוון שבימים אלו יש להתחזק באהבת ישראל והם מיועדים לחיזוק האהבה והאחווה בין איש לרעהו, התעורר בהם קטרוג על תלמידי רבי עקיבא, שלא נהגו כבוד זה בזה8.
לאחר האסון הנורא שפקד את רבי עקיבא, הוא לא התייאש אלא העמיד תלמידים חדשים ואמר להם: "הראשונים לא מתו אלא מפני שהיתה עיניהם צרה בתורה זה לזה, אתם לא תהיו כן". ואכן, התלמידים החדשים תיקנו פגם זה, ו"מִלאו כל ארץ ישראל תורה"9, ומאותם תלמידים נמשכה כל התורה שבעל פה, שאותה הם ביססו על אהבת ישראל ועל כבוד רֵעים.
תכליתם של מנהגי האבלות היא שנזכור את האסון שפקד את תלמידי רבי עקיבא, ומתוך כך "נתרחק מהשנאה והקנאה והתאוה והגאוה והכבוד, ונתחזק לקנות את מדת האהבה, הענוה והשלום"10. כל השנה יש להקפיד ולהימנע ממידות רעות אלו, ולקנות אהבה, ענווה ושלום, אך בימי ספירת העומר יש להקפיד בכך הקפדה יתרה. וכך כתב הגאון רבי חיים פלאג'י: "אהבת החברים צריכה להיות בכל עת ובכל זמן, אהבת עולם מלב ומנפש, וכל שכן שצריכים להיזהר בזה ביותר בין פסח לעצרת להיות באהבה וחיבה יתרה"11.
במשך הדורות התרגשו על עם ישראל צרות נוספות בימי הספירה. לפני כתשע מאות שנה כאשר מסעות הצלב הגיעו לגרמניה ולצרפת, הנוצרים פרעו ביהודים, החריבו את קהילותיהם הגדולות והרגו אלפי יהודים שסירבו להמיר את דתם12. כחמש מאות שנה לאחר מכן אירעו פרעות ת"ח ות"ט בפולין, וגם הן התרחשו בעיקר בימי ספירת העומר13. הקוזקים בהנהגתו של בוגדן חמלניצקי ("חמיל הרשע") עינו בעינויים קשים וטבחו עשרות אלפי יהודים והחריבו קהילות שלמות14.
בעקבות הצרות הללו נקבע שבימי ספירת העומר יש להצטער לא רק על תלמידי רבי עקיבא אלא על כל הצרות שהגויים הביאו על עם ישראל בגלות15. לכן יש להצטער בימים אלו גם על השואה הנוראה, שבה נרצחו כשליש מבני עמנו16.