מצווה לספור את הימים ממחרת חג ראשון של פסח עד חג שבועות, כמו שנאמר בתורה: "וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת, מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה, שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה, עַד מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת תִּסְפְּרוּ חֲמִשִּׁים יוֹם"1.
טעמה של מצווה זו הוא שנבטא את ציפּייתנו וכיסופינו לחג השבועות - היום שבו קיבלנו את התורה. וכך כותב בעל ספר החינוך בביאור טעמה של מצווה זו: "כי התורה היא עיקרם של ישראל, ובעבורה נגאלו ועלו לכל הגדולה שעלו אליה, ולכן נצטוינו למנות ממחרת יום טוב של פסח עד יום נתינת התורה, להראות בנפשנו התשוקה הגדולה אל היום הנכבד הנכסף לליבנו, כעבד ישאף צל, וימנה תמיד מתי יבוא העת הנכסף אליו שיצא לחירות, כי המנין מראה לאדם כי כל חפצו להגיע אל הזמן ההוא"2.
במדרש מסופר שישראל סָפְרוּ את הימים לקראת מתן תורה מיד בצאתם ממצרים, עוד לפני שהצטוו על כך; וכך נאמר שם: "בשעה שאמר להם משה 'תעבדון את האלקים על ההר הזה', אמרו לו ישראל: 'משה רבינו אימתי עבודה זו'? אמר להם 'לסוף חמשים יום', והיו מונין כל אחד ואחד לעצמו"3. אף שישראל שמחו מאוד בצאתם מעבדות לחרות לאחר שנים רבות של שעבוד וסבל, הם לא הסתפקו בחירות פיזית והשתוקקו לקבל את התורה, שתאיר את דרכם הרוחנית ותביא אותם להשלמת ייעודם האלוקי.
ימי ספירת העומר אינם ימים של השתוקקות וציפייה בלבד אלא גם ימים של הכנה, היטהרות והתקדשות4. עם ישראל נדמה בימים אלו לאישה הסופרת שבעה נקיים לקראת טהרתהּ. כך גם עם ישראל סופר שבעה שבועות של ניקיון וטהרה, ולאחריהם הוא מתייחד עם הקב"ה בקבלת התורה5. לכן יש להתחזק בימים אלו בעבודת ה', בתורה ובמצוות, כדי להיות ראויים לקבלת התורה6, ויש בימים אלו סייעתא דשמיא מיוחדת להתעלות ולהתקדש לקראת מתן תורה7.
'ספירת העומר' נקראת כן, כיוון שהספירה מתחילה מט"ז בניסן - היום שבו מקריבים את קרבן העומר בבית המקדש. הטעם לכך שהספירה מיוחסת לקרבן העומר הוא כדי לרמוז לנו על מהותה ועניינה של התורה שנקבל בשבועות. קרבן העומר הוא קרבן של שעורים, שהן מאכל בהמה, ואילו בשבועות אנו מקריבים קרבן של חיטים, שהן מאכל אדם. מתוך כך, אנו למדים כי בלי התורה שניתנה לנו במתן תורה - אנו נדמים לבהמות, והשלמת צורתנו בתור אדם בצלם אלוקים היא רק בקבלת התורה על ידינו8.