ראוי להתפלל את תפילות יום הכיפורים בכוונה, באימה וביראה יותר מבכל ימות השנה, כיוון שיום הכיפורים הוא יום דין1.
יש הנוהגים להדר ולעמוד בכל תפילות יום הכיפורים, כדי להידמות למלאכים1. ישיבה נדרשת לבני אדם, שכן הם מתעייפים וזקוקים למנוחה, אך מלאכים מוכנים בכל עת לעשות את רצון ה', וכיוון שהם אינם זקוקים למנוחה, מצבם מתואר כמצב של עמידה. ביום הכיפורים אנו משתחררים מעט ממגבלות החומר, ומתמלאים כוח וחיוניות, לכן התנוחה המתאימה לנו היא עמידה. כאשר המאמץ לעמוד בכל משך זמן התפילה פוגע ביכולת להתפלל בריכוז ובכוונת הלב, עדיף לשבת ולהתפלל בכוונה, מאשר לעמוד ולהתפלל ללא כוונה2.
ביום הכיפורים אומרים בקריאת שמע את הפסוק "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד" בקול רם1. בכל השנה אומרים פסוק זה בלחש, משום ששבח זה מיוחד למלאכים שכן רק הם מגלים את כבוד ה' במלואו, אך אנו איננו זוכים לגלות את כבוד ה' כראוי, ולכן שבח זה אינו מתאים לנו. אף על פי כן אנו אומרים אותו בלחש, משום שבפנימיותנו אנו שייכים למדרגה זו, ולעתיד לבוא היא תתגלה על ידינו בשלמות. אמנם ביום הכיפורים ישראל דומים למלאכים - אור הנשמה מתגלה בהם ביתר שאת, והם עוסקים כל היום בתפילה ובתשובה, ואזי שבח זה מתאים למדרגתם וגם הם רשאים לאומרו בקול רם2.
ביום הכיפורים, יש הנוהגים להתפלל את תפילת עמידה בכריעה (כפי שכורעים בתחילת ברכת אבות ובסופה), כדי להתפלל מתוך אימה ויראה, כראוי לאדם העומד בדין1.
הנוהגים כך צריכים לשים לב לקיים את תקנת חכמים, ולכרוע בברכת אבות ובברכת "מודים". לשם כך, עליהם להזדקף מעט לפני שהם מגיעים למילים שצריך לכרוע בהן, כדי שבהגיעם למילים אלו יוכלו לכרוע, כתקנת חכמים2.
עוד עליהם לשים לב, שלא יוסיפו על הכריעות שתיקנו חכמים. הטעם לכך שאסור להוסיף על הכריעות שתיקנו חכמים הוא שאם כל אחד יוסיף כריעות כרצונו, תישכח תקנת חכמים לכרוע בברכת אבות וב"מודים", משום שאנשים יסברו שכל אחד כורע כרצונו. כדי שלא להוסיף על הכריעות שתיקנו חכמים, על המתפללים בכריעה להקפיד שלא לכרוע בתחילתן של הברכות שאין חובה לכרוע בהן ובסופן, אלא רק באמצען. על ידי זה, ההבדל בין כריעות אלו לכריעות החובה יהיה ניכר, ולא יתעורר חשש שהמתפלל בכריעה מוסיף על הכריעות שתיקנו חכמים3.
כאשר המאמץ להתפלל בכריעה פוגע ביכולת להתפלל בריכוז ובכוונת הלב, עדיף להתפלל זקוף, בהכנעת הלב ובכוונה, מאשר בגוף כפוף וללא כוונה4.
בתפילת עמידה של יום הכיפורים, מותר להגביה את הקול מעט, כיוון שתפילה בקול מסייעת לריכוז הכוונה. ואמנם בכל השנה אסור להתפלל בקול, כיוון שתפילה בקול עלולה לבלבל את המתפללים, אבל ביום הכיפורים אין חוששים לבלבול המתפללים, כיוון שיש לכל מתפלל מחזור תפילה1. עם זאת, יש להיזהר שלא להגביה את הקול יותר מדי, כיוון שתפילה בקול רם מפריעה גם למי שיש בידו מחזור2. ויש סוברים שגם ביום הכיפורים יש להתפלל בלחש, כיוון שעל פי הקבלה, תפילת עמידה הנאמרת בקול איננה מתקבלת בשמים. לכן מי שיכול להתפלל בלחש ולכוון, יתפלל בלחש ולא יגביה את קולו3. ומנהג יוצאי ספרד להתפלל ביום הכיפורים בלחש, כבכל ימות השנה4.
בתפילות יום הכיפורים, נוהגים לומר פיוטים שונים שיש בהם דברי שבח לה' וביטוי למעלת היום. יוצאי אשכנז נוהגים לפתוח את ארון הקודש בזמן אמירת רבים מהפיוטים, כדי לעורר את הכוונה, וכדי שזכות התורה תעמוד לנו שתפילותינו תתקבלנה1. מן הדין, אין חובה לעמוד בזמן שארון הקודש פתוח, כיוון שספר התורה מונח במקומו, אך נהגו ישראל להדר ולעמוד לכבוד התורה2. אדם שקשה לו לעמוד, כגון זקן או חלוש, רשאי לשבת, כיוון שלא נהגו להחמיר ולעמוד אם הדבר קשה3.
נוהגים לומר בליל יום הכיפורים את ארבעת הפרקים הראשונים של ספר תהלים, שבסגולתם להציל מראיית קרי, שכן מספר המילים בפרקים אלו בתוספת מספר הפרקים הוא שלוש מאות ועשר, כפי הגימטרייה של המילה 'קרי'1.
יש הקוראים את כל ספר תהלים, שמספר בשבחו של הקב"ה, ואמירתו מועילה לכפר על הנפש ולבטל גזרות קשות2. ויש האומרים פיוטים נוספים המספרים בשבחו של הקב"ה ומעוררים את הלב לאהבת ה' ויראתו, כגון שיר הייחוד ו"כתר מלכות", ועדיף לומר מעט מתוך כוונה, מאשר לומר הרבה בלא כוונה3.
טוב ללמוד את משניות מסכת יומא בליל יום הכיפורים, וכן מאמרי חז"ל העוסקים בעניין התשובה ובענייני מעלת יום הכיפורים4.
בשעת השינה, טוב שגברים לא יכסו את גופם בשמיכה עבה המחממת את הגוף, כדי להישמר מטומאת קרי, וטוב להיזהר במיוחד מלכסות את הרגליים5.