כדי להוסיף בהודאה, תיקנו חכמים לומר בתפילה ובברכת המזון את תפילת "על הניסים", שמתואר בה בקצרה נס הניצחון במלחמה, וגם נס פך השמן רמוז בה. בתפילה אומרים "על הניסים" בברכת "מודים", ובברכת המזון אומרים "על הניסים" בברכת "נודה לך"1. תפילת "על הניסים" נאמרת דווקא בברכות אלו, משום שהן עוסקות בהודאה, ועניינה של תפילת "על הניסים" היא הודאה. בברכת מעין שלוש אין חלק מיוחד להודאה, ולכן אין מזכירים את חנוכה בברכה זו2.
כיוון שחג החנוכה אינו חג מהתורה, הזכרתו בתפילה אינה חשובה עד כדי כך שיצטרכו לחזור על ברכה כדי להשלימה3. לכן אדם ששכח לומר "על הניסים" ושם לב לכך תוך כדי ברכת "מודים", קודם שאמר את שם ה' שבחתימת הברכה, ("ברוך אתה ה'"), יחזור למקום שטעה ויאמר "על הניסים". אך אם הוא שם לב לכך אחרי שאמר את שם ה' שבחתימת ברכת "מודים", לא יחזור ויאמר "על הניסים", אלא ימשיך בתפילתו כרגיל. זאת כיוון שאם יחזור למקום שטעה ויאמר "על הניסים", הברכה שאמר תיחשב ברכה לבטלה. במקרה זה טוב לומר בסוף התפילה לאחר "אלוקי נצור", לפני "יהיו לרצון": "הרחמן הוא יעשה לנו ניסים ונפלאות כשם שעשה לאבותינו בימים ההם בזמן הזה, בימי מתתיהו וכו'"4.
וכן הדין בברכת המזון - אם אדם שכח לומר "על הניסים" ושם לב לכך תוך כדי ברכת "נודה לך", לפני שאמר את שם ה' שבסיום הברכה, יחזור למקום שטעה ויאמר "על הניסים". ואם נזכר לאחר שאמר את שם ה' שבחתימת ברכת "נודה לך", לא יחזור ויאמר "על הניסים", אלא ימשיך בברכתו כרגיל. וטוב במקרה זה לומר בסוף הברכה הרביעית של ברכת המזון: "הרחמן הוא יעשה לנו ניסים וכו'"5.